Năm 1477, ngày 5 tháng 1, Marie tuyên bố trở thành chủ nhân mới của các lãnh địa Bourgogne sau cái chết của cha bà, Charles, trong Trận Nancy. Quốc vương Louis XI nhận thấy khả năng chiếm đoạt Franche-Comté, Picardy và Artois qua hôn nhân, nên thúc giục cuộc hôn nhân giữa Marie và con trai ông, vị Quốc vương Charles VIII của Pháp trong tương lai. Trước tình huống đó, sứ giả Bourgogne đến đàm phán ở Pháp, song ra về với kết quả bỏ ngỏ do Vua Louis yêu cầu việc san nhượng các lãnh địa của Bourgogne, một việc khó có thể chấp nhận vào thời điểm ấy[3].

Ngày 10 tháng 2 cùng năm, Marie thực hiện chuyến vi hành đến Ghent và bị ép buộc ký kết văn kiện Đại đặc ân, xác nhận sự bán độc lập của các lãnh địa như Flanders, Brabant, Hainaut và Holland bằng cách bãi bỏ những sắc lệnh đầy chuyên chế mà các Công tước Bourgogne đã áp đặt trên các lãnh thổ này – một dạng mô hình quân chủ chuyên chế mà Bourgogne đã cố thực hiện trong các đời cha và ông nội của Marie, cùng nhiều sự xác nhận phức tạp khác. Đặc biệt, Marie phải chủ trương giữ hòa khí với Pháp, không tự tiện tuyên chiến hay tăng thuế nếu các Hội đồng không thông qua.

Trước tình thế này, Marie phải chọn chồng cho mình, và thông qua các cố vấn đáng tin cậy, bà đã chọn Archduke Maximilian của Áo, vị Hoàng đế tương lai của Thánh chế La Mã, và cũng là người đồng trị vì với Marie ở Bourgogne[4]. Hôn lễ của hai người diễn ra ở Ghent, vào ngày 19 tháng 8 cùng năm[5]. Việc Marie được cưới vào nhà Habusburg, đã chính thức khơi mào nên cuộc tranh chấp tới 2 thế kỉ giữa Pháp và Habsburg (Tây Ban Nha lẫn Thánh chế La Mã), dẫn đến Chiến tranh Kế vị Tây Ban Nha. Kết hôn hơn 5 năm, Marie qua đời trong một tai nạn khi đang cưỡi ngựa, bà gãy cột sống và qua đời ngay ngày hôm sau.